净化工程存在着一些问题，下面是我们经常会碰到的一些问题：
1、 灵活性不足，生产工艺难以调整
  这种情况在电子行业居多。目前洁净室多以金属壁板做隔断及吊顶。风口在金
属壁板上开孔安装，灯具则直接安装于金属吊顶下，这样的安装方式很难改变。电子行业由于技术发展极为迅速，一种产品或生产工艺几年之内就可能淘汰，原有的厂房需要重新布局以适应新的生产工艺，而洁净室恰恰已很难改动。
2、 能耗大，初投资及运行费用上升
  这种情况也多见于电子行业。多数电子厂房规模大，生产厂房往往几万平方米,甚至更大。其中大部分可能是洁净室。目前国内净化空调系统以常规净化空调机组加上送回风管及末端的HEPA或ULPA组成。因厂房面积大，送回风管很长，送风机压头必然选得较高，造成空调系统用电量大，运行费用高。而在我国目前供电系统尚处于垄断经营的局面下，一个厂房如果用电量太大,业主就需要建造一座变电站,投资巨大。
3、 吊顶上空间紧张，管线布置、施工均困难
  在众多的改建工程中，层高偏低是一个普遍的现象。而对于一个洁净室来说，有着众多性质的各种管线，如送风管、排风管、冷却、冷冻水管、纯水管、压缩空气管、各种工艺气体管、消防管、电缆桥架等，不仅管线众多，而且往往相互交错。如果层高太低，管线的布置及施工将变得非常困难。各种管道往往必须互相绕开，风管必须做得很扁，导致管材的浪费，也增加了流动的阻力。
  以上三个问题是常规集中送风净化系统不能回避的问题。