一.生物安全柜的选择
  生物安全柜的选择根据所需要保护的类型来决定：实验对象保护；操作危险度1～4级微生物时的个体防护；暴露于放射性元素和挥发性有毒化学品时的个体防护；或上述各种防护的不同组合。
  在操作具有挥发性或有毒的化学品时，不应该使用将空气重新循环排入房间的生物安全柜，即不与建筑物排风系统相连接的Ⅰ级生物安全柜，或Ⅱ级A1型及Ⅱ级A2型生物安全柜。Ⅱ级B1型安全柜可用于操作少量挥发性化学品和放射性元素。Ⅱ级B2型安全柜也称为全排生物安全柜，在需要操作大量放射性元素和挥发性化学品时，必须使用这一类型的生物安全柜。
二、实验室中生物安全柜的使用位置
  空气通过前面开口进入生物安全柜的速度大约为0．45 m/s。这样速度的定向气流是极易受到干扰的，人员在生物安全柜旁走动、打开门窗等形成的气流都可能对其造成影响。因此，生物安全柜应放置在远离人员活动、物品流动以及可能会扰乱气流的地方。在生物安全柜的后方以及两侧要尽可能留有30 cm的空间，以利于对生物安全柜的维护。在安全柜的上面应留有30～35 cm的空间，以便可以准确的测量空气通过排风过滤器的速度，并便于过滤器的更换。
三、操作者
  操作者的双臂在进出生物安全柜时，必须要小心的维持开口处气流的完整性，双臂应垂直而缓慢的进入开口。手和双臂伸入到生物安全柜中需要等待大约一分钟，以使生物安全柜调整完毕，并且让安全柜里的空气“扫过”手和双臂的表面以后，才可以开始对物品进行处理。操作者需要在开始实验之前将所有必需的物品置于生物安全柜内，以尽可能减少双臂进出开口的次数。
四、物品放置
  Ⅱ级生物安全柜前面的进气格栅不能被纸、仪器设备或其他物品阻挡。放入安全柜内的物品应提前用70%酒精擦除表面污染。所有物品应尽可能地放在操作台后部靠近操作台后缘的位置，并使其在操作中不会阻挡后部格栅。会产生气溶胶的设备应靠近生物安全柜的后部放置。废弃的物品以及吸滤瓶等体积较大的物品，应该放在生物安全柜内的某一侧。在工作台面上的实验操作应该按照从清洁区到污染区的方向进行。
生物安全柜内的空气可以通过HEPA过滤器按下列方式排出：
（a）气体先排到实验室中，然后再通过实验室排风系统排到建筑物外；
（b）通过建筑物的排风系统排到建筑物外面；
（c）直接排到建筑物外。HEPA过滤器可以装在生物安全柜的压力排风系统里，也可以装在建筑物的排风系统里。